Het hoofdorgel is in eerste instantie gebouwd door Roelof Barentszn Duyschot en voltooid door zijn zoon Johannes Duyschot. Het werd op 26 december 1686 opgeleverd. In 1727 werd het orgel door Christian Vater, leerling van Arp Schnitger, uitgebreid met een derde klavier, het Bovenwerk. Vervolgens is het orgel meermaals aangepast naar de wensen van de tijd. Noemenswaardig zijn hierin de twee grootscheepse ombouwen die plaatsvonden in 1895 en 1939. In 1895 herbouwde de firma Steenkuyl het orgel drastisch. Het instrument werd voorzien van een intern barker-systeem met gebruikmaking van de oude windladen en veel oud pijpwerk werd vervangen. In 1939 volgde de genadeklap voor dit instrument. De firma’s Verweys, Strunk en Sanders vernieuwden de windvoorziening, elektrificeerde de tractuur, plaatsten een nieuwe speeltafel en voegden een 4e klavier toe. De daarop volgende jaren kenmerkten zich door problematisch falen van de tractuur. Tevens  was het orgel dusdanig vol gebouwd dat onderhoud eigenlijk onmogelijk was.

Tussen 1989 en 1992 herbouwde Flentrop Orgelbouw uit Zaandam het orgel. Het oude pijpwerk uit 1686 en 1727 was het uitgangspunt bij de herbouw, maar bijzonder is dat goed pijpwerk uit latere tijden ook in enkele gevallen is gehandhaafd. Zo is het frontpijpwerk van de hand van Hermanus Knipscheer uit 1842 nog steeds te zien.